при включенном сефе (хотя бы встроенном) перестают работать некоторые модули.
Те, которые не прописаны в .htaccess скорее всего. Система пытается им дать урлы, но потом не может понять как их приминить. И страница типа не найдена. Хотя это только догадка ...
сегодня установил sh404SEF (типо лучший по отзывам и голосам на joomla.org), который сразу же заглючил с Joom!Fish (выяснились проблемы с совместимостью), немного отрехтовал php этого компонента и все заработало, однако он, сцуко, зачем то переводит! линки на русский (возможно, при помощи Joom!Fish) и пытается по ним поинтить браузер, который, кстетственно по этим линкам идет и натыкается на 404))) вопрос требует проработки.